據《菲律賓每日詢問者報》4月29日報道，菲律賓武裝部隊知道中國正對其進行“窺探”，于是采取了應對措施保護國家軍事機密，但沒有采取俄羅斯那種停止使用互聯網、改用老式但可靠的打字機進行溝通的策略。
在菲律賓軍隊里處理菲律賓與中國南中國海領土爭端的辦公室里，禁止使用手機，也沒有接入互聯網。交流從不使用電子郵件，而是用電腦打印出來由專人交付。為了保險起見，也不使用USB接口。另一個應對措施是以密碼或難懂的方言而不是英語來對話。
消息人士說，除了挫敗竊聽者，菲軍方還警惕傳統的間諜。他說，有些人偽裝成商人、攤販甚至漁民。
該人士說：“如果美國海軍的飛機沒有在菲律賓的船只和‘謝拉·馬德雷’號軍艦上空低空飛行，那么中國海警可能會更加咄咄逼人地采取阻撓行動，使菲律賓船只無法到達仁愛礁。”因為無權向記者透露軍事行動的細節，該人士要求匿名。
《菲律賓每日詢問者報》的消息人士說，在仁愛礁行動之前三天，巴拉望省外一個海軍維護的區域失去了所有通信信號，不管是手機還是互聯網，但菲律賓本土信號未受任何干擾。
在與中國因領土爭端而關系緊張近兩年之后，軍隊幾乎憑直覺就知道誰在攔截信號。這名消息人士說：“我們知道行動受到了損害。”
該人士說，中國人也知道該阻撓哪一艘船。在執行任務時，同一海域還有其他漁船，但是中國海警沒有阻撓其他船只。該人士說：“他們知道你們的船是從軍隊的出發點出發的。我們猜測他們實際上在等待兩艘船，這就是為什么只有中國海警3401船阻撓你們的原因。中國的另一艘海警船看來是在等待另外一艘菲律賓的船只。”
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