1990年6月的“國是會議”是此前的“二月政爭”和“野百合學運”等一系列政治動蕩之后，各方博弈所形成的一個討論平臺，臺灣的未來由這個討論決定。國民黨內“改革派”、民進黨及其他在野人士再次提出“總統”直接民選的訴求，雖然引起相當大的爭議，但總算獲得了要實行直選的結論。

　　直選，顧名思義就是“公民”直接選舉，一人一票。但中文的語言太有彈性了，可以繼續玩花招，又分出了“直選”和“委任直選”兩種意見。1992年3月下旬的“國民大會”臨時會議“修憲”中，國民黨由于在會中席位占有絕對優勢，完全主控，被外界稱為“一黨修憲”。然而，國民黨內部出現了巨大分歧，“主流派”與“非主流派”意見分歧，以李登輝為首的“主流派”贊成直接選舉，“非主流派”出于理念堅持和利益考量，希望繼續采取間接選舉“總統”的辦法，但又不能推翻1990年社會各界達成的直選共識，便發明了一個詞語，叫“委任直選”。兩派展開激烈的黨內紛爭。

　　“非主流派”的堅持并非只為既得利益和自身權勢，而有更深刻的考慮。“非主流派”代表人物之一梁肅戎表示：“采取公民直選就等于臺灣公民投票，將來很可能有偏差。”梁肅戎沒有說出的這種“偏差”，換兩個字就是“臺獨”。堅持國民黨傳統理念的“非主流派”并不反對直選領導人，但在他們看來，既然“中華民國總統”在“法統”上代表全中國，就不能只由臺灣人投票選出，這跟臺北人選個臺北市長不可同日而語，如果“總統”僅臺灣地區民眾選出，豈不意味著“主權”范圍的危險變更？更大牌的郝柏村則站在國民黨的立場上表示：“國民黨如果本土化，國民黨就亡了。”顯然，郝柏村等人對“中國國民黨”這名號中的“中國”兩字格外珍惜，擔心一旦發生政治結構的巨變，這個黨將名不副實。今天看來，直選領導人并不一定意味著“臺獨”，而在當時的情境中，“非主流派”的憂慮和抵抗并非沒有根據。

　　但臺灣社會的主流民意已不容抵擋，“非主流派”面對黨內“主流派”、民進黨等在野力量和民間呼聲三重對立面，已無力回天。1992年4月民進黨發起主張“總統”直接民選的大游行，抗爭多天。5月，一些學院團體又在臺北發起了“廢國大、反獨裁”游行，主要訴求仍是“總統”直選。此后社會運動和政壇紛爭繼續風起云涌。到了1994年5月，“國民大會”第4次臨時會舉行，繼續“修憲”，主議題當然還是“總統”直選問題，一番紛爭后，7月29日終于完成“修憲程序”三讀通過，確定了“總統”采用“公民直選”，具體的措辭表達為：“總統”選舉方式將由中華民國自由地區全體人民直接選舉之，自1996年第9任“總統”“副總統”選舉實施。所謂“自由地區”當然就是臺灣當局實際控制的臺、澎、金、馬。

　　1996年3月23日，臺灣終于舉辦了有史以來的首次領導人直選，被海外諸多報刊稱為華人政治史上的先例。

　　隨著這個日子的臨近，1995年下半年起，臺灣掀起“總統”選戰的熱潮。8月，“監察院長”陳履安寄回國民黨黨證，辭去監察院院長之職，宣布參選“總統”，并邀請律師王清峰搭檔參選。陳履安明了自己不可能獲得國民黨候選人資格，為了參選索性連國民黨員也不當了。國民黨候選人當然沒有懸念，一周后，李登輝宣布參加國民黨黨內初選，獲91%黨代表選票支持，李登輝找了時任“行政院長”連戰做搭檔。國民黨副主席林洋港找到郝柏村搭檔，也出馬參選，果然被“撤銷黨籍”，但郝李配還是得到了政黨的支持，是新黨。原本計劃推出王建煊的新黨在林、郝參選后，轉而支持自稱是“正統國民黨”的林郝配。本來，陳履安和林洋港也討論過合作參選，但因為誰也不愿屈居為副手而作罷。民進黨舉辦了長達四個月兩階段的黨內初選，最后彭明敏擊敗許信良、林義雄、尤清，脫穎而出，以謝長廷為搭檔參選。四組參選人經過數次電視辯論，展開激烈選戰。

　　選舉活動期間，人民解放軍在臺灣海峽舉行了三次軍事演習和導彈試射，當時的局勢被稱為第三次臺海危機。事實上，此前李登輝于1995年6月參訪其母校美國康奈爾大學，前后還有一系列挑動對立的言行，已經讓兩岸關系緊張度升高。美國甚至派出兩艘航空母艦靠近臺灣海峽就近“觀察”。這場危機在事后被解讀為對李登輝的勝出起到了“激勵作用”，然而在這個關鍵時刻，中國政府不能不明確地表明態度：不管這場選舉結果如何，任何企圖將臺灣從中國分裂出去的圖謀都將面臨嚴重的后果。

　　3月23日，首次臺灣地區領導人選舉終于完成投票，投票率高達76.4%。李登輝、連戰以5813399票當選，得票率為54%。彭明敏、謝長廷的得票率為21.13%，林洋港、郝柏村及陳履安、王清峰的得票率分別為14.90%和9.98%。這樣，已經擔任了八年“總統”的李登輝再度獲得了權柄，而這一次他在個人政治史上更進一步，成了首任民選“總統”，可以說是鍍上了一層“民主”的金，他本人此后被擁躉奉為“民主先生”，這一章當然是最重要的資本。

　　比李登輝個人輝煌更重要的，是臺灣政治、社會走向此后發生根本改變。“公民直選”徹底打破了國民黨的權力壟斷，使政黨輪替成為可能。但國民黨也并非只有損失，在此之前，國民黨政權從大陸逃亡而來并實行多年專制統治像個“原罪”，屢遭政敵攻擊。自此以后，不管是當年的李登輝還是后來的馬英九，國民黨領導人獲得權力是通過臺灣本地人一票票選舉產生，很難再被攻擊為“外來政權”。在1996年，這種改變和李登輝本人的政治色彩，似乎標志著“臺獨”分離傾向抬頭，而多年之后回頭再看，直選和“臺獨”卻并不必然掛鉤，因為直選出的領導人有的可以不斷挑動兩岸對立，有的卻大踏步發展兩岸關系，促成了前所未有的和平發展局面。對臺灣民眾而言，直選的最大成果，是民意自此有了最直接的呈現。