8月27日上午，自然之友、自然大學等環保組織在北京舉行新聞發布會，發布了致中國石油天然氣集團公司（以下簡稱“中石油”）的公開信，呼吁中石油暫停云南1000萬噸煉油項目的違法施工。
公開信指出，中石油云南1000萬噸煉油項目在公眾參與、環境影響評價、項目選址、項目用地、環境容量和區域規劃等六大環節存在漏洞和隱患，環保組織已向相關政府部門提起行政復議。目前，該項目正在加緊施工，項目現場可見各類工程機械，數個儲油罐已經基本建成。
自然大學研究員李濤表示，《環境影響評價法》明確要求建設項目環境影響報告報批前應該征求公眾意見，并在報告中附具對意見采納或者不采納的說明。然而，在環保部公布的中石油云南1000萬噸煉油項目環境影響報告中沒有依法納入任何公眾參與內容。
7月2日，多家環保組織就項目環境影響報告批復向環保部提出行政復議申請，環保部已確認受理。
除了公眾參與，上述環保組織認為，煉油項目選址和建設的重要依據——工業園區規劃的審批也存在問題。自然之友理事李波說，任何建設項目都應當符合當地區域規劃在環境容量等方面的限制，而中石油云南煉油項目所在的安寧工業園區總體規劃根據項目情況一改再改，至今仍僅在云南省工信委備案，未依法報省政府批準。
同時，項目用地未獲審批已開工。根據《國務院辦公廳關于加強和規范新開工項目管理的通知》規定，工業項目應以招拍掛方式取得用地，而中石油云南煉油項目用地手續至今還沒有批下來。
水資源也是該項目的一個重要制約因素。滇池流域人均水資源不足300立方米，而中石油云南煉油項目每年耗水量達660萬立方米，這對昆明這座缺水城市無疑是雪上加霜。昆明市政府此前的說法是將從外地調水供給項目用水，盡量不與昆明爭水。
北京中咨律師事務所律師夏軍分析稱，國內現有法律體系對于建設項目環境影響評價、土地使用、項目審批都有明確的要求，中石油云南煉油項目在多個環節的操作都違反法規。
夏軍表示，嚴格遵守法律的正當程序，是煉油項目獲得民眾支持從而順利運作的基本前提。依法辦事、有所敬畏、真誠對話，是化解云南煉化項目危機的唯一可行路徑。“如果項目在建設之初都不能遵守法律，可以預見其未來也不能依法運營，也反映出政府監管在項目上形同虛設。”
公開資料顯示，中石油云南1000萬噸煉油項目，落戶昆明安寧市工業園區，距離安寧市主城區7公里，距離昆明市區40公里。2011年3月獲得國家安監總局危險化學品建設項目安全許可意見書。2012年7月，環保部批復同意該項目。2013年1月，項目可研獲得國家發改委核準批復。
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