風險投資的運作包括融資、投資、管理、退出四個階段。
融資階段解決“錢從哪兒來”的問題。通常，提供風險資本來源的包括養老基金、保險公司、商業銀行、投資銀行、大公司、大學捐贈基金、富有的個人及家族等，在融資階段，最重要的問題是如何解決投資者和管理人（風險投資家）的權利義務及利益分配關系安排。
投資階段解決“錢往哪兒去”的問題。專業的風險投資機構通過項目初步篩選、盡職調查、估值、談判、條款設計、投資結構安排等一系列程序，把風險資本投向那些具有巨大增長潛力的創業企業。
管理階段解決“價值增值”的問題。風險投資機構主要通過監管和服務實現價值增值，“監管”主要包括參與被投資企業董事會、在被投資企業業績達不到預期目標時更換管理團隊成員等手段，“服務”主要包括幫助被投資企業完善商業計劃、公司治理結構以及幫助被投資企業獲得后續融資等手段。價值增值型的管理是風險投資區別于其他投資的重要方面。
退出階段解決“收益如何實現”的問題。風險投資機構主要通過IPO、股權轉讓和破產清算三種方式退出所投資的創業企業，實現投資收益。退出完成后，風險投資機構還需要將投資收益分配給提供風險資本的投資者。
風險投資一般采取風險投資基金的方式運作。風險投資基金在法律結構是采取有限合伙的形式，而風險投資公司則作為普通合伙人管理該基金的投資運作，并獲得相應報酬。在美國采取有限合伙制的風險投資基金，可以獲得稅收上的優惠，政府也通過這種方式鼓勵風險投資的發展。
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