在物流這個人員、土地和資金都相當密集的行業，阿里巴巴正在用自己的方式加大影響力。作為繼天貓淘寶電商體系、螞蟻金服支付體系之后的第三大戰略，菜鳥物流從2013年誕生之初就被視為馬云要進軍物流業的標志。
據目前不完全統計，阿里巴巴旗下的菜鳥物流共有五大物流園區正在建設中，分布在華北、華東、華南、西南、華中五地，總面積超過100萬平方米。從數量上來說，菜鳥除了在天津建了2個倉，浙江金華和義烏之間有1個，廣州1個，還在北上廣三地建了3個生鮮倉；而山東馬上將會開新倉。境內還有4個保稅倉和一些小家電倉儲。
頻繁的圈地建倉引發了外界不少質疑，最嚴重的批評來自商務司副巡視員聶林海，他認為馬云走歪了，“到處建物流基地建倉儲，因為經不住誘惑。”阿里巴巴對此一直否認，菜鳥也從未直接雇過一位快遞員。但菜鳥為什么要如此大規模地建倉呢？菜鳥內部人士告訴界面新聞記者，菜鳥的目標是要建立全國多地分倉、倉儲和配貨合作的模式，倉儲是可以開放給物流公司使用的。“菜鳥建的每個物流園區不僅是為菜鳥自己使用，物流園區是為商家服務的。很多其他電商也會選擇從菜鳥的商品配倉里發貨，比如唯品會。”
按照阿里巴巴的計劃，菜鳥網絡計劃在5到8年內，建造一個全國性的超級物流網。這個網絡能在24小時內將貨物運抵國內任何地區，能支撐日均300億元（年度約合10萬億元）的巨量網絡零售額。這需要大規模的倉儲網做支撐。根據菜鳥網絡監測的物流數據，整個2014年，天貓和淘寶產生的包裹占中國快遞市場份額超過60%，為此，菜鳥需要同時跟蹤記錄超過150萬快遞員的攬收、送貨和包裹的實時情況，日均訂單數量超過3000萬。為了保證這些包裹快速分銷、送達，增加倉庫數量就變得很有必要。
菜鳥最常見的布倉方式是自建、共建和租用三類。此外，收購也是方案之一。最近的一例是在2015年5月，菜鳥收購了亞馬遜上海2萬平方米的倉儲中心。包括后者先進的分揀設備，會根據阿里平臺上的品類對倉儲做調整改進。菜鳥倉庫的增多甚至帶起了一種新興的行業——倉配管理，比如給天貓超市做倉配管理的心怡物流公司。心怡董事長邢瑋介紹，心怡會隨著菜鳥一起開拓海外倉，其中澳大利亞倉已經啟用。美國、意大利、韓國倉等也會在今年陸續啟用。
阿里巴巴向來以大數據公司自稱。為了把物流業從線下搬到線上，菜鳥推出了多款大數據產品，比如2013年雙十一前推出的物流預警雷達、提高快遞網點信息化程度的“鷹眼”項目、提升發貨效率的電子面單等。這也是菜鳥公司沒有像京東物流一樣大規模鋪人鋪網點的重要原因，截至目前，菜鳥團隊才700人左右，且超過一半都是產品和技術團隊的。
阿里巴巴將自己最擅長的“做平臺”優勢又再次發揮在了物流上，“整合”是菜鳥物流的關鍵詞。整合的思路從菜鳥最初的股權結構就可以看出來，啟動資金50億元，天貓占股43%，投資21.5億元人民幣；銀泰投資16億，占股32%，富春、復星集團、順豐、“三通一達”等都有參股。阿里巴巴與蘇寧合作后，蘇寧旗下包括4個航空樞紐、12個自動化分揀中心、60個區域配送中心、660個城市配送中心以及10000個配送點都有可能與菜鳥對接，目前細節談判尚在進行中。此外，菜鳥還與超過10個省政府簽署協議。
2015年9月5日，在螞蟻金服的企業公示信息中，北京中郵投資中心已經成為其股東。中國郵政集團與阿里巴巴的合作已經深入到資本層面。其實，早在今年4月份，雙方的合作就已經展開，全國十萬個郵政點中的5000個點將開放給菜鳥派送包裹。值得注意的是，這是作為國有企業的中國郵政首次與私營企業合作，共享資源。在海外，為了解決不同國家物流發展的差異性，阿里巴巴打通了多地物流專線，即俗稱的“鋪管線”。發貨量達到一定規模后，就可以通過整合當地的物流體系，聯系好各國海關開通專線服務。
2015年上半年，阿里巴巴外貿物流動作頻繁，已與包括UPS、Fedex、俄羅斯的ITELLA、東南亞的4PX、大韓通運等在內的多個全球物流伙伴合作。最新的合作是2015年8月剛剛談下來的德迅物流。阿里巴巴國際事業部資深經理程煒表示，與德迅的談判進行了9個月，目的是為中國的商家們爭取到更多優惠和服務。未來，外貿中涉及的信用證、保險和各種單據都可以由阿里巴巴背書。
除了依靠平臺信用背書縮短物流時間，建保稅倉也成為了一種提高國際物流效率的方法。在進口時，清關查驗是最耗時的地方。如果能提前利用好保稅倉，做好預清關，讓海關清楚放在保稅倉的貨品是什么，就很有可能縮短國際物流時間。
投資則是更大層面的戰略。2015年7月8日和2015年7月8日，阿里巴巴投資了1.871億新加坡元（約合8.33億元人民幣），以增持約5%新加坡郵政股權，想借新加坡郵政使用“萬國郵聯”的便利，在國際郵政體系下有更加有利的議價籌碼。
來自阿里巴巴的數據統計，最近幾年雙十一的包裹量都是翻倍增長，2013年1.56億單包裹量讓菜鳥經歷了“爆倉”的痛苦，用戶投訴不斷。但到了2014年雙十一，菜鳥已經能在10天內全部派完2.78億單，這些進步或加快阿里巴巴倉配加快遞的合作模式。電子商務的發展在將銷售平臺扁平化的同時，也必將帶來供應鏈的縮短。
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