參與海洋管理的有海洋與漁業局、科技廳、環保局、海事局、交通局等多個部門，綜合協調機構未能實現理想運轉，造成了海洋政策落地困難，無法得到全面貫徹與實現，海洋政策在一定程度上只能是“紙上談兵”。
雖然廣東海洋政策在全國范圍內起步較早，也明確提出建設海洋經濟強省的戰略目標，但對于如何實現海洋經濟強省卻一直缺乏統一、完整、清晰的可指導海洋各方面協調發展的海洋總體政策。
(一)海洋政策缺乏宏觀規劃和前瞻性。由于海洋環境復雜多樣，各種資源相互關聯，使得各個海洋產業的發展相互影響、相互依存。因此，單一部門、區域性的海洋發展規劃不能協調各海洋產業之間的關系，難以促進海洋開發的整體效益。同時，各部門不同的海洋發展規劃還容易導致縱向上政策相互脫節，橫向上各政策又在目標、內容和效應上相互沖突。
(二)涉海法規政策有待健全。廣東在地方性海洋法規和制度建設上已經取得了若干重要成果，但還仍不能適應海洋經濟的發展，主要表現在：一是海洋基本法規不健全，還沒有制定出與《聯合國海洋法公約》和國家涉海法律相銜接，甚至是超前于國家海洋法律的地方法規體系；二是涉及海洋的法規和政策多為管理部門制定，導致相關涉海法規部門利益突出，缺少綜合統一性；三是有的規定、辦法法律層次太低，權威性不夠，在執行中不可避免地被打折扣。
(三)海洋行政管理體制僵硬。廣東省是較早開展海洋綜合管理的省份，也取得了一定的成效，但政出多門，條塊分割的問題仍然困擾著廣東海洋經濟的持續發展。參與海洋管理的有海洋與漁業局、科技廳、環保局、海事局、交通局等多個部門，綜合協調機構未能實現理想運轉，造成了海洋政策落地困難，無法得到全面貫徹與實現，海洋政策在一定程度上只能是“紙上談兵”。
(四)海洋科技政策效果不明顯。觀察廣東長期以來海洋科技政策以及海洋科技發展趨勢可以發現，廣東海洋科技以開發性、實用性研究占據主導，對海洋新興產業和海洋高新技術研究滯后，使得各種技術應用開發后勁不足，關鍵海洋技術領域和海洋高新技術前沿領域落后。對實施海洋科技創新戰略缺乏前瞻性認識，研究視野還大多局限在傳統海洋產業和近海區域。海洋新興產業和海洋高新技術研究大大落后于發達地區。海洋科技創新缺乏戰略性指導，致使海洋科技創新水平與福建、山東等省相比還有較大的差距，不利于廣東省海洋經濟可持續發展。
(五)海洋環境政策成效有限。雖然近年來廣東加大了環保宣傳和污染治理的力度，但從源頭控制污染仍然存在許多薄弱環節。2007年監測結果表明，廣東管轄海域河口區、港灣等近岸海域海水質量未見好轉，受陸源污染影響較大的部分河口區、近岸海域和港灣水質較差，有些地區和部門落實海洋功能區劃分不力，有些業主只追求內部收益，不考慮自己行為的負外部性，造成海洋生態環境惡化。每年全省因病害造成水產養殖產值損失15%以上，湛江2006年上半年對蝦養殖約有62.5%的發病率。
(六)政策制定和執行過程中公眾參與性不強。作為一種公共政策，海洋政策是公眾在海洋領域的政策表達，是有意識的、合理的政策序列設計與安排。在制定海洋政策的過程中，應當以滿足公共利益為目標，應面向公共或社會共同需要，滿足多數和保護少數。而目前情況是，在政策制定前、制定中及政策落實過程中，大多征求的是行政主管機構與所涉行業部門意見與建議，而未建立有效的直接面對公眾的溝通協商機制，社會公眾積極主動參與的深度不夠。
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