科技、經濟、教育、人事、財稅等主管部門之間存在彼此分割、相互脫節的現象，缺乏有效的統籌及戰略協同，科技政策與產業、教育政策等配套不夠，導致一些好的科技政策難以落實到位。
總體來看，新世紀頭10年湖北省科技體制改革取得了重大進展。但同時應該看到，全省科教優勢轉化不夠的狀況尚未得到根本性扭轉，新的科技體制建設目前依然不夠健全，尚存在體制機制方面的障礙。
(1)面向應用技術研發體系薄弱。總體上看，湖北省科技成果產出結構呈現“一高一低”特點，科技論文、獲獎成果、承擔國家科研計劃等純科研型產出高，專利、新產品等商業化應用成果產出低。湖北的論文數量、獲獎成果數量一般居全國第5位左右，專利申請量居全國第10位左右。近兩年，全省授權專利中，發明專利僅占13.3%，明顯低于全國20%的平均水平。高校本身面向應用技術研發的導向不足，開發類院所改制后應用研究功能削弱，公益類應用技術科研機構由于事業費不足，發展滯后，導致面向應用技術研發的科研體系薄弱。
(2)產學研深度結合機制有待突破。高校、科研機構與企業對技術的關注點不同，高校、科研機構往往只關注技術的先進性，忽視市場需求，成果本身離商業化應用有較大差距，而企業需要的創新成果則是工程化的成熟技術。同時，產學研合作形式多，實際內容少，影響企業的積極性、主動性，在產學研結合的長效機制，特別是在建設產業技術創新戰略聯盟、生物技術研究院等新型產學研創新組織有效運行的體制機制上，有待進一步探索。
(3)企業技術創新主體地位不突出。①從事科技活動的企業比例較低。2008年，全省有科技活動的工業企業比例為13%，不僅大大低于北京(25.8%)、浙江(22.3%)等發達省市，也低于同為中部的安徽(15.3%)、湖南(14.9%)；②企業科學研究與試驗發展投入水平偏低。企業普遍缺乏內部創新機制，在湖北省大中型工業企業中，科學研究與試驗發展投入強度達到5%以上的企業只有50個。在全省科學研究與試驗發展經費支出中，企業投入占63.6%，比全國平均水平低8.1個百分點。
(4)科技資源分布失衡。大城市科技資源高度密集，中小城市尤其是縣域科技資源不足。武漢、襄樊是全省科技資源聚集中心，集中了全省科技人員的近60%，科技經費的70%，科技信息資源的60%。中小城市及縣域科技力量薄弱，尤其是農村科技資源相當匱乏。據黃石市調查：全市所有鄉鎮農村服務機構10多年來未進一名大學生。高校和科研機構科技資源高度密集，企業尤其是中小企業科技資源不足。全省高校和科研機構集中了約78%的研發機構、35%的科技活動人員和36%的科學研究與試驗發展經費。
(5)科技宏觀管理體制亟待完善。科技、經濟、教育、人事、財稅等主管部門之間存在彼此分割、相互脫節的現象，缺乏有效的統籌及戰略協同，科技政策與產業、教育政策等配套不夠，導致一些好的科技政策難以落實到位。
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