新疆同中亞各國及俄羅斯在科技、經濟合作上有著悠久的歷史，雙方合作的互補性很強，潛力巨大。特別是隨著上海合作組織機制的不斷完善，合作的領域更加廣泛。在雙方政府的支持下，科技領域的合作與交流迅速發展，范圍不斷擴大，由專家學者互訪到聯合組建實驗室，由粗放型的產品貿易發展到高新技術產品貿易，由一般的技術指導發展到技術轉移，對雙方的經濟發展起到了積極的推動作用。進入新世紀，新疆逐步形成了以中亞各國及俄羅斯為主的多方位、多層次、多渠道、多方式的國際技術合作與交流的格局，新疆眾多學科研究與開發的新技術已開始置身于國際合作之中。

     新疆面向中亞各國及俄羅斯，先后舉辦了“小麥高產優質技術培訓班”、“牛繁殖改良技術培訓班”、“畜禽疫病診斷防治技術培訓班”、“網絡技術培訓班”、“新能源應用技術國際培訓班”、“企業孵化器國際培訓班”，300多名技術專家參加了培訓。

     新疆305項目辦與哈薩克斯坦地質地理研究中心簽訂合作協議，雙方在地質、礦產資源和探明有益礦藏方面開展科技合作。其中“加強中國西部中亞鄰國地質礦產的比較研究”項目，對大區域和全球構造的視角認識和探索礦床形成與分布規律，提高整個地區地質礦產研究程度和礦床預測水平意義重大。

     通過雙方的作物品種交換，引進了中亞各國大量的作物和牧草種質資源及種植技術，在新疆的北疆地區推廣示范，對當地的農作物育種、園林瓜果的選種等方面起到了積極的促進作用。

     從烏茲別克斯坦農科院引進赤眼蜂防治棉鈴蟲“生物防治病蟲害的技術”，經新疆科研人員消化吸收后，已在南北疆建立2個基地，防治棉田已達10萬畝，防治效果顯著。

     從哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦引進賽加羚羊和乳肉兼用型種馬，從哈薩克斯坦引進世界上優秀的騎乘馬品種及養殖技術，對改良我國馬匹品種，提高運動性能，培育我國自己的運動馬品種起到了巨大的推動作用。

     新疆農業科學院從哈薩克斯坦引進的作物秸稈微貯飼料技術、微生物殺蟲劑和防治作物根病的木霉制劑技術，推廣應用后具有工藝簡單易行和成本低的特點，非常適合在新疆推廣應用。

     新疆有色金屬工業公司從哈薩克斯坦有色金屬選礦研究設計院引進氰化樹脂提金工藝技術，用于新疆阿希金礦生產中，效果較好；與哈薩克斯坦在地質找礦、有色金屬選冶方面進行了有益的合作，縮小了新疆找礦靶區，采金率提高了10%左右，鈾礦產量提高了5%。

     從俄羅斯、哈薩克斯坦引進的冷水魚已進入規模化魚苗和商品魚生產階段。在阿勒泰市建立了“阿爾泰山系珍稀植物實驗圃”，圃內栽種了大量阿爾泰區域的珍稀植物，其中包括藥用、食用、飼用和觀賞植物。

     雙方的技術轉移是在平等自愿、互惠互利的基礎上展開的。從中亞各國引進的技術對新疆的科技經濟發展起到了積極的推動作用，提升了新疆出口產品的科技含量和附加值。新疆轉移到中亞的主要是高新技術和輕工民用技術，對于中亞各國建立高新技術園區、發展民用輕工產品有重要的支持作用。雖然雙方的合作取得了一定的成績，但也存在一些問題，主要有以下幾個方面。

     首先是合作力度不足，缺乏發展規劃。中亞五國獨立后，以對等交換科研人員和資料的形式開展了初級的技術合作，其合作項目大多屬于階段性的，以促進相互了解和解決單一問題為目的，缺乏大規模的生產性技術合作項目。這種合作缺乏吸引力，難以形成規模，難以獲得所在國家的重視與投入，很多具有重大實際意義的項目中途夭折。從宏觀層面講，缺少具有針對性的長遠規劃，缺乏對中亞五國的政策研究，缺乏政府的有效組織和合作導向是一個重要原因。

     其次是雙方科技合作中，基礎技術領域合作多，高新技術領域合作少；科學研究領域合作多，生產領域合作少；雙方合作時斷時續，缺乏連貫性和計劃性。

     三是技術轉移合作長期停留在互換型合作模式的低級階段，互換型合作很難得到最先進或最完整的知識和技術。隨著合作的不斷深入，應該適時提升至建立聯合實驗室、開展共同研究、合作解決區域重大問題等高級合作模式。

     四是科技合作的主要困難集中在資金方面。由于資金不足，雙方的技術合作是以對等交換科研人員和資料的形式啟動的，但這種方式使得雙方合作局限在狹小領域，制約了可以開展合作的范圍。

     五是知識產權保護和相關的法律問題。隨著技術轉移工作的不斷深入，雙方面臨著更高層次的競爭，如何在國際化的市場競爭中，利用知識產權保護自身利益，避免由于缺乏知識產權保護意識給雙方造成不必要的損失，是技術轉移中亟需解決的重大課題。