五彩灣地區煤炭產業的發展有一定的局限性，不足之處有以下幾點：第一，五彩灣地區煤炭產業的深加工和精加工以及產業集中程度均不高；第二，與煤炭相關的企業都是污染型企業；第三，煤炭的利用過程中會產生廢氣污染；第四，煤炭是不可再生資源，毫無節制的大量開采，加上資源利用不足，將導致煤炭資源的枯竭；第五，信息發展相對滯后，資源勘探可采儲量的信息沒有跟上發展的步伐，預測儲量大，實際探明儲量相對較少。
雖然五彩灣地區煤炭產業的發展取得了不錯的成績，但是，也應該看到問題。綜合全新疆煤炭企業發展的現狀，五彩灣地區屬于新興的煤炭產業地區，因此，在一定程度上避免了最傳統的煤炭企業生產力低下、資源浪費嚴重、環境污染嚴重的問題。但是，五彩灣地區煤炭產業的發展也有一定的局限性，不足之處有以下幾點。
第一，五彩灣地區煤炭產業的深加工和精加工以及產業集中程度均不高，產業鏈條斷裂，煤化工和煤氣層開發利用等產業發展緩慢，深加工、綜合利用、已經對煤炭伴生資源利用的產業鏈尚未形成規模。煤炭就地轉化率低，交通承運能力差。雖然政府部門對鐵路和公路建設有投入，但是，已有的運輸量與實際需求的運輸量相差較大。對于煤電需求量較大的珠三角地區，因地理距離大、運輸成本高而難以大量供應，所以，煤炭主要以原煤的方式供給區內居民消費。雖然目前五彩灣地區有大規模的企業進駐五彩灣地區，但是各種煤炭產品和煤炭加工產品附加值和科技含量都不高。低回采率的開采方式浪費了大量的優質資源。
第二，與煤炭相關的企業都是污染型企業，因此，煤炭產業的發展必然會導致環境問題的凸顯。一方面，煤炭的開采會造成生態環境的破壞，引起地表沉陷，加劇水土流失。而在開采及加工過程中會產生酸性污水，污水會滲入到地下水層，污染地下水和土壤，腐蝕設備。由于準東五彩灣煤炭礦區所在土地原為戈壁地貌，其水源缺乏，不利于植被生長，煤炭的開采不僅會造成原有植被的破壞，以及植被生長環境的破壞，將影響五彩灣地區的生態環境，而且還會引發土地沙漠化，損壞地面建筑基石，影響人們的生活。另一方面，目前五彩灣地區的煤炭儲藏多是露天煤場，由于防塵、降塵、集塵等設備并不完善，煤塵到處飛揚，不僅浪費煤炭資源，也造成了環境污染。而露天煤場在煤炭裝卸和煤炭自燃時使用的水含有大量的有毒有害物質，如果沒能做出周全的處理，會污染水環境。而在煤炭的運輸過程中，也會造成煤炭粉塵對環境的污染。
第三，煤炭的利用過程中會產生廢氣污染。如瓦斯、一氧化碳、二氧化硫、氮氧化物、二氧化硫和氮氧化物的排放會形成酸雨；固體廢氣物污染，如煤伴生廢石煤矸石的長期堆積會造成自燃，排放有害氣體；煤矸石淋雨后會形成強酸性水，污染地表水系、地下水及土壤。而準東五彩灣地區生態環境薄弱，水資源缺乏，森林覆蓋率低，土地多為戈壁，植被生長困難，一旦生態環境遭到破壞，將會影響當地乃至附近地區居民的生活。而且，生態環境的恢復在五彩灣地區將是一項浩大的工程。
第四，煤炭是不可再生資源，毫無節制的大量開采，加上資源利用不足，將導致煤炭資源的枯竭，不利于該地區的長遠發展和后代的資源利用，進而影響社會的可持續發展和穩定。目前，五彩灣地區的煤炭開發，沒有長遠的資源利用規劃，對煤炭的開采追求大規模，是將經濟的發展建立在資源的消耗上。
第五，信息發展相對滯后，資源勘探可采儲量的信息沒有跟上發展的步伐，預測儲量大，實際探明儲量相對較少。對市場以及科技方面的信息，更新速度落后，影響了煤炭企業生產力和生產效率的提高。同時，由于信息流通不便，市場把握不準，增加了煤炭產業各企業的產品儲存成本。同時，由于地理位置比較偏遠，目前五彩灣地區的煤炭產業主要用于滿足新疆經濟社會發展和人民生活需求，“西電東送”基地的建成還處在初步階段。而匱乏的人才信息導致產業內人才引進困難，人才斷層嚴重，整體素質難以提高。
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