全州農產品加工企業與農戶的利益采用資金、技術、勞動力、土地使用權等生產要素緊密聯系的少，合同契約型的多，企業與農戶的利益分配關系還是簡單的買賣關系，農戶與龍頭企業的利益聯結機制不夠緊密，沒有形成“利益均沾，風險共擔”的利益共同體。
當前，全州農村改革發展面臨難得機遇，同時也面臨嚴峻挑戰，特別在推進農業產業化進程中，扶持壯大龍頭企業還存在不少突出問題。
(一)認識不到位，工作落實有差距
對扶持農業龍頭企業、推進農業產業化仍普遍存在思想認識不足，工作落實上還有差距，對中央、省、州扶持龍頭企業的各種優惠政策在實際操作中難以全部落實到位，許多工作措施仍然存在重部署、輕落實的情況。各級政府在推進農業產業化發展上，思想認識還沒有高度統一，一些部門的干部出現了松勁和懈怠的思想，致使農業產業化的規模經營得不到充分發揮，制約了全州農業龍頭企業的進一步發展壯大。
(二)投入不足，基礎設施建設滯后
各級財政對建設農產品基地、發展農民專業合作組織、培育龍頭企業的扶持資金少且呈現出逐年減少的趨勢。一些縣市對農產品加工企業的資金扶持有限。農業龍頭企業自身資本積累不足、技改資金短缺，流動資金缺口大，融資渠道狹窄，銀行貸款難度大、信貸成本高，制約了龍頭企業的發展壯大。農產品市場與流通基礎設施落后、功能不強，市場建設及服務體系亟待進一步完善，缺乏能夠輻射全州乃至周邊地區的農產品批發市場。受土地、資金、人才以及思想觀念等因素的制約，農產品加工園區規劃滯后，園區水、電、路及標準化廠房等設施不配套，難以滿足農產品加工企業的需求，一些較好的項目難以落地，企業入園成本高，招商引資難度大。
(三)龍頭企業小散弱，帶動力不強
農產品加工企業普遍“小而全，小而散”，農業產業化、規模化、組織化程度低。現有農產品加工企業多為初加工企業，加工技術落后、產品附加值低，企業管理粗放、創新能力和市場競爭力弱，加之國際貿易壁壘的限制，特色農產品出口增長緩慢。優勢農產品生產與精深加工的產業鏈條尚未形成，農產品基地提供的原料品種、品質、規格等不能適應精深加工要求，特色農產品產業沒有形成貿工農一體化的整體優勢。縣域之間產業結構趨同，特色不明顯，優勢資源集中度不高，各種利益主體之間的利益分享機制尚未形成，企業之間的分工協作關系也未建立，農產品資源分散、開發程度低、產業鏈短，農業龍頭企業帶動力不強。
(四)人才匱乏，服務體系不完善
農業龍頭企業對技術創新投入不足，科技含量不高、研發能力弱，企業產品品種、包裝、營銷等缺乏創新動力，產品更新換代及新產品開發難以滿足市場需求。企業對人才引進和培養重視不夠，特別是高端技術人才、管理人才和市場營銷人才缺乏，知名品牌少，企業管理不規范、營銷水平低、產品的市場占有率不高、競爭力弱。為農民提供技術指導和培訓、農資配送、病蟲防治、市場信息服務不到位；對農業種養殖大戶、農產品基地和農產品市場建設幫助指導不夠；主動為農業龍頭企業提供各種優質高效服務的意識不強。農產品加工企業的標準化體系、檢測體系、食品安全體系、技術推廣服務體系、質量認證體系以及信息服務體系尚未健全，難以與國內外市場接軌，社會化服務體系建設亟待完善。
(五)組織化程度低，利益機制不完善
以分散經營為的主雙層經營模式，分散的農產品生產與集中加工的矛盾突出。農村土地流轉機制不健全，難于實現規模化經營，農業產業化發展不平衡，大部分縣市產業化水平低。目前，全州農產品加工企業與農戶的利益采用資金、技術、勞動力、土地使用權等生產要素緊密聯系的少，合同契約型的多，企業與農戶的利益分配關系還是簡單的買賣關系，農戶與龍頭企業的利益聯結機制不夠緊密，沒有形成“利益均沾，風險共擔”的利益共同體。
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