近年來，隨著我國對醫藥領域的重視，國家不斷出臺醫藥相關的政策，醫藥行業總體技術實力得到了提高，但是還存在中小企業數量過多、產能過剩等一些問題。因此，推進企業組織結構調整、提高產業集中度已成為我國醫藥行業發展的必然趨勢。
在當前，我國藥機企業的科研開發投入不足。跨國制藥公司的研究與開發投入一般都在銷售總額中占很大比例，而在我國就明顯不足。科研投入的不足使我國擁有自主知識產權的醫藥產品較少，產品更新慢，重復嚴重，化學原料藥中97的品種是"仿制"產品；其次，我國醫藥裝備水平也亟待提高。我國大部分制藥企業的裝備還以機械化為主，距發達國已進入以計算機控制為主的自動化裝備生產階段還有較大差距；此外科技成果迅速產業化的機制尚未完全形成。我國醫藥科技成果的轉化率僅8%左右，真正形成產業化生產只有2%－3%。
我國是化學原料藥生產大國，產量已居世界第二，但藥物制劑研發水平低，多數制劑產品質量不高，穩定性差，難以進入國際市場。現階段我國平均一種原料藥只能做成三種制劑產品，而國外一種原料藥能做十幾甚至幾十種制劑產品。國產醫療器械產品大多是附加值較低的常規中低檔產品，產品返修率和停機率高，產品性能不穩定，造成臨床上所需的高、精、尖醫療器械與新型實用醫療設備多數依賴進口。
目前我國醫藥流通的批發環節以委托醫藥商業公司銷售和企業自銷為主。近年來，醫藥生產企業出于對產品價格加以控制和參與市場競爭的需要，加強了自營自銷力量。
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