近年來，農村土地流轉問題一直是三農問題爭論的焦點，盡管爭論的出發點不盡相同，但歸根到底是探討農村土地的控制權應該歸誰所有。

    結合山東省農業產業化的實踐，農業資本深化至少在以下幾方面形成體制沖突：

    1.土地控制權沖突。在生產經營體制沖突中，土地控制權沖突是表現最突出的。近年來，農村土地流轉問題一直是三農問題爭論的焦點，盡管爭論的出發點不盡相同，但歸根到底是探討農村土地的控制權應該歸誰所有。傳統體制下，農地集體所有、農戶承包，農戶擁有實際控制權。伴隨著農業產業化的深入，農業企業在控制了農產品流通領域之后，必然要求向生產領域延伸，即要求對生產資料——土地，以及對勞動力——農民進行有效的控制。唯有如此，才能滿足其利潤最大化的需求。由此可見，土地是否流轉并非當下農村土地問題的核心，真正的核心是究竟是農業企業還是農民應該享有土地控制權。

    2.生產控制權沖突。農業資本要求按照社會化大生產要求組織農業生產經營活動。承包經營體制則強調在集體控制下，農戶自由決策分散經營。這種社會化生產與小農生產之間的沖突是生產控制權沖突的核心內容。上述土地控制權的爭奪，以及勞動力控制權的爭奪和生產組織模式的爭奪都是圍繞這一核心展開的。

    3.市場控制權沖突。包括供求、價格以及市場組織等方面形成市場控制權沖突。農業企業、農村集體組織、專業合作社、農戶、國家都對農產品供求和價格產生影響。企業直接掌握著絕大部分農產品市場供給，并要求獨立制定農產品市場價格。農村集體組織的經濟功能雖然逐漸淡化，但是作為一級政權組織，其上下溝通的能力決定了其經濟影響不可能消失。各種專業合作社從建立那一天起就是針對價格的，其最基本的功能是代替農戶進行價格談判。農戶則是農產品原始價格的決策者，盡管由于力量分散而無法對市場價格實施有效影響，但是卻能夠直接影響農產品的原始產量和品種，從而通過供求關系影響價格。國家則一方面通過政策調控農產品價格，另一方面則通過對農業生產資料、牲畜屠宰、農業技術等環節的壟斷經營，最終實現對農產品供求和價格的有效控制。

    4.再分配體制沖突。這類沖突主要圍繞國家稅收和補貼形成的。在農業稅費改革之后，各地方農業產業化得到了巨大發展。但是，相關調查卻顯示，農產品加工企業的稅費相對較重。經加工后仍屬農產品的增值稅率為13%，加工后改變了農產品的形狀或包裝的增值稅率為17%，由于農產品加工企業面向千家萬戶，農產品收購環節的增值稅率統一為10%，而絕大多數農產品加工后都改變了形狀或需要更換包裝，因此，農產品加工的增值稅率大都高于一般產品加工的實際增值稅率3～4個百分點。隨著農業資本深化，圍繞稅收的沖突會越來越尖銳。另外，圍繞補貼的沖突也涉及到了方方面面。不僅農戶和企業都在爭取國家農業補貼，而且地方各級政府也都對國家農業補貼垂涎不已。實際上，國家補貼已經變成了一種免費資源吸引各個方面參與競爭。

    5.投資體制沖突。投資體制沖突一方面表現為對農業的投入重短利、輕持續。不管是龍頭企業還是農戶，或者來自金融機構的投資，都把重點放在能夠短期見效的項目上，而不愿意投向能夠保證農業可持續發展的基礎設施項目，造成只有國家承擔農業基礎設施建設。但是，由于財政資金的局限，農業基礎設施建設始終難以滿足農業發展的要求。另一方面則表現為金融資源的外流。工、農、中、建、郵被譽為農村金融資源的五大“抽水機”。大量的農村儲蓄存款匯集到這些金融機構以后，并沒有貸放到農業生產中來，而是投向了回報率更高的城市工商業。這種投資體制不僅無法滿足農業資本深化的要求，甚至無法維持農業簡單再生產。

    6.融資體制沖突。在有限的投向農業的金融資源中，農業企業、專業合作組織以及農戶都存在融資難的現象。但困難卻不盡相同，農業企業資質較好，可以獲得信用貸款，也可以獲得擔保貸款，但卻很難獲得政策性貸款。農戶則主要依賴于政策性貸款，而無法涉足商貸。農業合作組織則處于兩難境地，由于其法人地位存在很多不確定性，因此其融資能力也受到極大制約。三方主體境況雖然有差異，但是終究要面對總量有限的農業金融資源，因此，相互之間的競爭態勢非常明顯。