綜合農貿市場實行超市化模式統一營運管理，這更有利于集中統一實行營運管理。實行超市化方式經營，農貿市場可配備先進設備統一檢測包括食品質量在內的進場貨物，制定食品進貨環節中質量安全保障的檢測措施。
1 組織機構設置
綜合市場依據所經營業務規模設置職能機構或崗位，通常包括采購供應部門、貨物驗收檢測部門、儲運配送部門、客戶服務部門、財務核算部門、后勤安保部門、人事管理部門、信息處理部門以及綜合辦公室等職能部門，各職能部門分工負責相應的業務工作。第一層的四周店面出租給個體商販經營，第一至二層內部攤位實行超市化模式營運。綜合市場招收普通員工時可優先選擇參與投資入股的當地居民，商場還可兼營為鄉鎮所屬企事業單位、機關、飯店配送貨物的業務，兼顧鄉鎮綜合市場的公益性及經濟性功能。
2 實行超市化模式營運管理
綜合農貿市場實行超市化模式統一營運管理，這更有利于集中統一實行營運管理。實行超市化方式經營，農貿市場可配備先進設備統一檢測包括食品質量在內的進場貨物，制定食品進貨環節中質量安全保障的檢測措施。肉制品、乳制品、水產品、飲料、家禽等食品進入市場交易前要通過安全檢測，對于提供了不安全食品的貨源供應基地，中心市場要備案并給其不良信用記錄的警告和通報，直至取消其成為貨源供應基地的資格。貨物在儲存配送區細分或凈化后進入市場貨架攤位，市場商品實行明碼標價；居民消費者在市場自由選購的貨物都拿到指定結賬點付款；綜合市場統一招收員工并組織員工培訓上崗；對商品質量問題由客戶服務部門實行統一處理和售后服務；商場還可兼營為企事業單位、機關、飯店配送貨物的業務。
3 營造出良好的市場購物環境
在個體商販分散經營的農貿市場中，一些管理制度往往有名無實，檢查人員來了“一陣風”，檢查過后“就放松”，缺乏監督和激勵機制；市場及周邊環境衛生差，市場內臟、亂現象比較常見；超范圍經營、私自出租部分攤位、市場過道內隨便加設小商品攤位、攤位換主而執照照舊等現象也時有發生。實行公司制經營的綜合農貿市場，能夠統一制定市場內部的管理制度，且可有效付諸實施，使居民購物過程中獲得享受。按公司化模式營運，有助于鼓勵轄區參股居民重視學習有關法律知識，農貿市場定期召開股東代表大會，向股東報告經營情況和財務狀況，這有助于接受股東的監督檢查。投資入股的轄區居民也會有更大熱情到自己投資的市場中購物，而且能夠激勵居民為改進市場管理獻計獻策，這有助于促進農貿市場的持久興旺發展。
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